Es nombre arábigo y significa castillo puesto en frontera de enemigos. Latinē arx, arcis, abarcendo. Y el mesmo vocablo «Alcalá» parece significarlo, si le reducimos a la raíz hebrea כָלַא, cala, prohibere et claudere, porque defiende la entrada al enemigo y le cierra la puerta al paso. Y, en la mesma lengua arábiga, vale pendencia; y síguese bien, porque, estando tan cerca unos de otros, siendo enemigos, han de venir muchas veces a las manos. Al es artículo; cala, castillo. Y tenemos muchos lugares en España compuestos deste nombre, como Calahorra, Calatrava, Calatayud, Calabazanos, Calatañoz, Calaceit; y, en tierra de Sevilla, había un castillo que por serlo le pusieron los moros por nombre Cala, y después los cristianos, no entendiendo el vocablo, le llamaron el castillo de Cala. Muchos lugares hay dichos Alcalá, como Alcalá del Río, Alcalá la Real, dicha antiguamente Alcalá de Benzaide. Ganola de los moros el rey don Alfonso XI, y de allí le quedó el nombre de Alcalá la Real. Alcalá de los Ganzules, que vale tanto como la de los valientes. Y Alcalá de Guadira: conviene, a saber, del río de los molinos.
Dicha así por el río que pasa cerca della. Por otro nombre se dijo Complutum. Y viene bien con lo que dice Esteban de Garibay, que Alcalá, en arábigo, vale congregación de aguas, libro 7, capítulo 10. Alegóricamente, se podría entender por el concurso de tantas gentes que acuden a ella. Algunos le quieren hacer nombre griego Complutum, quasi Κωμηπλουτουσα, castelum dives, por la riqueza de letras que hay en ella. Y, por ventura, debieron de ser muchos pueblos comarcanos que acudían a este como al principal, porque Plinio hace mención de los pueblos complutensesm y Abraham Ortelius refiere lo que se sigue: Complutum, Ptolomeo et Prudentio, Carpentanorum urbs est in Hispania Tarraconensi: Alcala de Henares esse ex vetustis marmorum eius loci inscriptionibus docet Carolus Clusius, insignis hic omnium disciplinarum academia est, &c. Es verdaderamente Alcalá de Henares torre de frontera, porque con su dotrina hace guerra a la ignorancia en todas facultades y, particularmente, con la escuela de Teología, ahuyentando errores y herejías y enseñando verdades católicas. Sin perjuicio de lo que hemos dicho, los graecizantes quieren, por galantería, dar a Cala, origen de Καλος, calos, pulcher, honestus, bonus, egregius, porque cosa más hermosa, honesta, buena y egregia no la hay que la sabiduría, que es lo que allí se platica y cultiva. También se le pudiera dar origen del verbo Καλεω, caleo, voco, porque con la lección de tantas y tan variadas disciplinas, está llamando y convida a todos los buenos ingenios para que vayan a gozar de la mesa que les tiene puesta de tantos y tan sabrosos manjares. Y, como casa propia de la sapiencia, le cuadra lo que della está escrito, Proverbios, capítulo 9: Sapientia ædificavit sibi domum, excidit columnas septem, immolavit victimas suas, miscuit vinum, et posuit mensam, &c. A esta Alcalá de Henares viene bien la etimología que un gran arábigo me dijo. Significa, ultra de lo dicho, campo cultivado, de donde se han arrancado malas yerbas y maleza, oficio que hace la dotrina y disciplina arrancando de los pechos cristianos la ignorancia y los errores, y extirpando las herejías. En tiempo de los godos, fue Alcalá de Henares catedral, según lo refiere el padre Mariana en su Historia de España, libro 4, capítulo 21. Don Bernardo, arzobispo de Toledo, que murió año de mil y ciento y veinte y seis, habiendo sido prelado de ella por espacio de cuarenta y cuatro años, ganó de los moros la villa de Alcalá de Henares con sus gentes y a expensas suyas, y desde aquel tiempo quedó, cuanto a lo temporal y espiritual, por los arzobispos de Toledo. Cerca de los años de mil y doscientos y noventa y tres, el rey don Sancho de Castilla, por un privilegio dado en Valladolid, que hoy día está en los archivos de la santa iglesia de Toledo, otorgó hubiese escuelas en Alcalá de Henares con las prerrogativas que la Universidad de Valladolid. En el año de mil y cuatrocientos y noventa y nueve, el arzobispo don fray Francisco Jiménez fundó la Universidad al modo y traza de la de París, y trajo a ella hombres doctísimos en todas facultades con grandes partidos y salarios.